
## rpart.control对树进行一些设置
## xval是10折交叉验证
## minsplit是最小分支节点数,这里指大于等于20,那么该节点会继续分划下去,否则停止
## minbucket:叶子节点最小样本数
## maxdepth:树的深度
## cp全称为complexity parameter,指某个点的复杂度,对每一步拆分,模型的拟合优度必须提高的程度
ct <- rpart.control(xval=10, minsplit=20, cp=0.1)
## kyphosis是rpart这个包自带的数据集
## na.action:缺失数据的处理办法,默认为删除因变量缺失的观测而保留自变量缺失的观测。
## method:树的末端数据类型选择相应的变量分割方法:
## 连续性method=“anova”,离散型method=“class”,计数型method=“poisson”,生存分析型method=“exp”
## parms用来设置三个参数:先验概率、损失矩阵、分类纯度的度量方法(gini和information)
## cost我觉得是损失矩阵,在剪枝的时候,叶子节点的加权误差与父节点的误差进行比较,考虑损失矩阵的时候,从将“减少-误差”调整为“减少-损失”
fit <- rpart(Kyphosis~Age + Number + Start,
data=kyphosis, method="class",control=ct,
parms = list(prior = c(0.65,0.35), split = "information"))
## 第一种
par(mfrow=c(1,3))
plot(fit)
text(fit,use.n=T,all=T,cex=0.9);
## 第二种,这种会更漂亮一些
library(rpart.plot)
rpart.plot(fit, branch=1, branch.type=2, type=1, extra=102,
shadow.col="gray", box.col="green",
border.col="blue", split.col="red",
split.cex=1.2, main="Kyphosis决策树")
## rpart包提供了复杂度损失修剪的修剪方法,printcp会告诉分裂到每一层,cp是多少,平均相对误差是多少
## 交叉验证的估计误差(“xerror”列),以及标准误差(“xstd”列),平均相对误差=xerror±xstd
printcp(fit)
## 通过上面的分析来确定cp的值
## 我们可以用下面的办法选择具有最小xerror的cp的办法:
## prune(fit, cp= fit$cptable[which.min(fit$cptable[,"xerror"]),"CP"])
fit2 <- prune(fit, cp=0.01)
rpart.plot(fit2, branch=1, branch.type=2, type=1, extra=102,
shadow.col="gray", box.col="green",
border.col="blue", split.col="red",
split.cex=1.2, main="Kyphosis决策树")
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