ncbi中geo数据库中rep1和rep2的区别

学会看帮助信息

+函数名 ,比如 seq

seq(2,20,2)意思是从2（第一个参数）开始,每次加2（第三个参数）,一只到大于20停止

rep(2,10)意思是2重复10次

rep(seq(2,20,2), rep(2,10))看起来比较复杂,看下面这个比较简单：

rep(1:4, c(2,1,2,1))

1、2、3、4四个数（1:4就是1、2、3、4的意思）,第一个数重复2次,第二个重复1次,第三个重复2次,第四个重复1次,一一对应,按顺序的

如果rep(a,b)中的a、b两个参数的个数不一样就会报错了

一般来说所用的分析工具有在线跟下载的 下面简要列举一些常用在线软件的使用 1、使用VecScreen工具，分析下列未知序列，输出序列长度、载体序列的区域、可能使用的克隆载体都有哪些。一、步骤：

打开google 首页，搜索VecScreen，进入VecScreen首页，复制序列，运行，View report。

二、结果：

输出序列长度918bp，

载体序列的区域456bp——854bp

克隆载体：M13mp18 phage，pGEM-13Zf(+)，pBR322，pRKW2。

2、使用相应工具，分析下列未知序列的重复序列情况，输出重复序列的区域、包含的所有重复序列的类型、重复序列的总长度及Masked Sequence。

一、步骤：

进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的。

进入google首页，搜索RepeatMasker，进入RepeatMasker主页，进入RepeatMasking，复制序列，DNA source选择human，运行！点击超链接，在结果中选择

Annotation File ：RM2sequpload_1287631711outhtml

3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具，分析下列未知序列，输出CpG岛的长度、区域、GC数量、所占的百分比及Obs/Exp值。一、步骤：

进入google首页，搜索CpGPlot，进入CpGPlot主页，program中选择cpgreport复制序列，运行！

二、结果：

CpG岛的长度：385bp

区域：48——432；

GC数量：Sum C+G=297，百分数=7714

Obs/Exp：101

4、预测下面序列的启动子，输出可能的启动子序列及相应的位置。一、步骤：

进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的

进入google首页，搜索Neural Network Promoter Prediction，进入主页，复制序列，选择eukaryote，运行！

二、结果：

位置：711—761 ，1388—1438，1755—1805；

5、运用Splice Site Prediction工具分析下面序列，分别输出内含子－外显子剪接位点给体和受体的区域及剪接处位置的碱基。一、步骤：

进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的

进入google首页，搜索Splice Site Prediction，进入主页，复制序列。Organism选择Human or other。其他默认，运行！

二、结果：

供体：

受体：

6、对下面序列进行六框翻译，利用GENESCAN综合分析(首先确定给定序列的物种来源)哪个ORF是正确的，输出六框翻译（抓图）和GENESCAN结果(包括predicted genes/exons 和 predicted peptide sequence(s) 两个部分)。一、步骤：

进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是Zea的

进入google首页；搜索NCBI，进入主页，选择all resources（A~Z），选择O，选择ORF finder。复制序列，默认，运行！

二、结果：ORF图

三、步骤：进入google首页，搜索GENESCAN，进入主页，Organism:Maize， ，其他默认，运行！

四、结果：

G7、进入REBASE限制性内切酶数据库，输出AluI、MboI、EcoI三种内酶的Recognition Sequence和Type。

一、步骤：进入google首页，google in English，搜索REBASE，进入主页， 分别输入AluI、MboI、EcoI，运行！

在MboI中选择第一个，EcoI选择第二个。

二、结果：

ENSCAN图

8、使用引物设计工具，针对下列未知序列设计一对引物，要求引物长度为20-25bp，扩增产物长度300-500bp，退火温度为50-60℃。请写出选择的一对引物（Forward Primer and Reverse Primer）、及相应的GC含量、引物的位点、Tm值和产物长度。一、步骤：进入google首页，搜索genefisher，进入主页，复制fasta格式，chechk input， sunmit， ； ；设置一下引物长度为20-25bp，扩增产物长度300-500bp，退火温度为50-60℃； 。

NCBI 分类学数据库（taxonomy database）不是分类学或系统发育信息的信息源（primary source），而且也没有自己的一套完整的分类学系统，相反它只是努力整合各种各样来源的系统发育和分类学的知识，包括发表的文献、基于网络的数据库、序列提交者的建议以及来自NCBI 外部的分类学专家。因此NCBI 的分类学数据库不是一个系统发育或分类学的“专家数据库”（Wheeler et al, 2000）。

获取序列所对应的分类学信息有两种方法。

一种方法，从NCBI 网站下载gi与taxid 对应表，在Taxonomy 数据库的FTP 地址下载。这个目录下有多个压缩文件，其中针对Windows *** 作系统的两个针对蛋白质序列和核苷酸序列的压缩文件分别是gi_taxid_protdmpgz 和gi_taxid_nucldmpgz 文件。这两个文件都只有两列，左边为gi 号，右边为Taxid。由于这些文件非常大，因此用浏览器来打开这些文件几乎是不可能的。随着时间的推移，这两个文件会越来越大，不过速度不会是指数增长的，并且在美国东部时间的每个星期一2：00 am NCBI 会对其进行更新。

对于Windows 用户还有一个文件称为taxdumpzip 文件。文件解压缩后包括1 个prt 文件和6 个dmp 文件。Gencodedmp 文件保存有不同的密码子表，与同目录的gcprt 联合使用；mergeddmp 是保存有合并的taxid 号的对应表；nodesdmp 是结点信息；divisiondmp 是较大的几个分类；namesdmp 结点名称信息，每个id 对应多行。这些数据被Phylogenie 软件包中的blammer 程序用于构建进化树。

利用ftp 地址的连接利用>

如果该基因编码的蛋白质在PDB数据库里有ID，基因注释里要有PDB id的。基因名字中一般不能用PDB数据库编号的，基因名字有自己通用的命名法则，可以和蛋白质名字类似或大小写的区别。

所以，NCBI数据库中的基因名字一般情况下不可以是蛋白质的PDBID。

基因是基因，蛋白质是蛋白质，基因名字和蛋白质名字不是一回事。NCBI数据库是一个超级大的数据仓库，里面有蛋白质数据库、蛋白质结构数据库、基因序列数据库、基因组序列数据库、蛋白质表达及基因芯片数据库等等，种类非常多。

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