核酸序列数据库（genbank）和基因组数据库（ensemble）的区别？

核酸序列数据库（genbank）和基因组数据库（ensemble）的区别：

1、GenBank

是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。

2、Ensemble数据库可为药物研发提供超过167,000种生物活性化合物包括化学结构在内的必要信息。本数据库利用用户容易掌握的界面将数据、文本和图象资料有机地结合起来，便于查询。Ensemble可从药品专利开始，再通过其临床前和临床研究资料，直至注册信息、市场概况及其他方面的相关资料来跟踪药物。数据库每月更新一次，每年增加约10,000

种新化合物。

​Ensembl

http://www.ensembl.org/index.html

1.选择物种，搜索基因。

2.点击进入基因的summary页面。

3.点击左侧sequence，得到序列信息。

4.橘色背景红色字体序列为exon区域，第一个外显子前边的序列即为promoter序列，默认设置为600bp。        

5.若想获取更长的promoter序列，点击左侧“Configure this page”重新配置。

6.修改5' Flanking sequence (upstream)，例如修改为1000，保存并关闭，即可得到更新后1000bp的promoter序列。

7.在UCSC中核实（Ensembl和UCSC注释之间就TSS的识别可能存在差异）。复制启动子序列，在UCSC进行blat，点击第一条的browser进入基因组浏览界面，zoom out 3X，查看页面确保启动子序列符合UCSC注释（输入的序列在目标基因的第一个exon之前，序列区域内有CpG岛）。

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