TCGA数据库中含有的癌症名称，简写和中文名称

Abbr 英文名称 中文名称

ACC Adrenocortical carcinoma 肾上腺皮质癌

BLCA Bladder Urothelial Carcinoma 膀胱尿路上皮癌

BRCA Breast invasive carcinoma 乳腺浸润癌

CESC Cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma 宫颈鳞癌和腺癌

CHOL Cholangiocarcinoma 胆管癌

COAD Colon adenocarcinoma 结肠癌

COADREAD Colon adenocarcinoma/Rectum adenocarcinoma Esophageal carcinoma 结直肠癌

DLBC Lymphoid Neoplasm Diffuse Large B-cell Lymphoma 弥漫性大B细胞淋巴瘤

ESCA Esophageal carcinoma 食管癌

FPPP FFPE Pilot Phase II FFPE试点二期

GBM Glioblastoma multiforme 多形成性胶质细胞瘤

GBMLGG Glioma 胶质瘤

HNSC Head and Neck squamous cell carcinoma 头颈鳞状细胞癌

KICH Kidney Chromophobe 肾嫌色细胞癌

KIPAN Pan-kidney cohort (KICH+KIRC+KIRP) 混合肾癌

KIRC Kidney renal clear cell carcinoma 肾透明细胞癌

KIRP Kidney renal papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌

LAML Acute Myeloid Leukemia 急性髓细胞样白血病

LGG Brain Lower Grade Glioma 脑低级别胶质瘤

LIHC Liver hepatocellular carcinoma 肝细胞肝癌

LUAD Lung adenocarcinoma 肺腺癌

LUSC Lung squamous cell carcinoma 肺鳞癌

MESO Mesothelioma 间皮瘤

OV Ovarian serous cystadenocarcinoma 卵巢浆液性囊腺癌

PAAD Pancreatic adenocarcinoma 胰腺癌

PCPG Pheochromocytoma and Paraganglioma 嗜铬细胞瘤和副神经节瘤

PRAD Prostate adenocarcinoma 前列腺癌

READ Rectum adenocarcinoma 直肠腺癌

SARC Sarcoma 肉瘤

SKCM Skin Cutaneous Melanoma 皮肤黑色素瘤

STAD Stomach adenocarcinoma 胃癌

STES Stomach and Esophageal carcinoma 胃和食管癌

TGCT Testicular Germ Cell Tumors 睾丸癌

THCA Thyroid carcinoma 甲状腺癌

THYM Thymoma 胸腺癌

UCEC Uterine Corpus Endometrial Carcinoma 子宫内膜癌

UCS Uterine Carcinosarcoma 子宫肉瘤

UVM Uveal Melanoma 葡萄膜黑色素瘤

一个。

一个数据集就够了，多个数据集合需要合并为一个。一个基于TCGA数据库，不需要注册登录即可进行可视化分析的网页，不需要代码，里面内容十分丰富，提供了最详细的TCGA在线分析展示。

cBioPortal显着降低了复杂基因组数据与癌症研究人员之间的获取障碍，促进快速、直观、高质量地获取大规模癌症基因组学项目的分子谱和临床预后相关性。目前存储DNA拷贝数数据（每个基因的假定，离散值，例如“深度缺失”或“扩增”，以及log2水平），mRNA和microRNA表达数据，非同义突变，蛋白质水平和磷蛋白水平（RPPA）数据，DNA甲基化数据和有限的临床数据。

TCGA由NCI牵头，作为美国攻克癌计划的一个大的project，投入巨大的人力和资金，较早的进行深度测序，提供Gene expression, DNA methylation, Copy Number Variant, Mutation还有更深度的exon expression外显子测序结果，其临床数据整理的相对最完整，指标最多。在TCGA中直接下载数据的方法较为繁琐，但是有多个网站提供TCGA数据（包括表达和临床等）完善的整理：GDAC， Cancer Browser和cBioportal是其中整理最为完整和可靠的。GDAC由美国MIT和Harvard共建的Broadinstitute运行，UCSC运行着Cancer Browser 和Xena, cBioportal由MemorialSloan-Kettering Cancer Cente建立，提供较为完善的TCGA数据为基础的各类信息检索服务。

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