后缀名hdb的是什么文件?

这是一种数据库文件

金报兴图全文数据库标准化统一检索平台服务器

（PILOTSVER）设置和启动说明

执行程序组中的程序项或双击 Web-server 目录中的 Pilotsver,启动服务器程序。

单击系统管理窗口，在下拉菜单中选择“服务器设置”。

这时d出对话窗口，默认选项为“数据路径”，单击“添加”按钮，可添加数据库路径。

单击“浏览”选择数据库，假设数据库安装在本机上，通过浏览功能查找数据库文件（*.hdb）所在路径，并选中打开相应的数据库文件（*.hdb），这时库路径窗口中会显示您刚才所选的数据库及所在路径。“数据库名”和“显示库名”自动填充默认值。

单击确认，这样在窗口中显示出您刚野兆轮才添加数据库的名字

重复4 ,直至数据库添加完毕。

如果要删除某一数据库，选中您要删除的库名单击“删除”按钮。

如果要修改某一数据库的路径设置，选中您要编辑的库名单击“编辑”按钮，重复 *** 作4。

单击“服务器端口”，Http端口默认值为“80”。如果数据库服务器上存在其他WEB-SERVER，为避免冲突，可将端口地址改为其他值，如81，以后访问时，应注明访问地址为81，颂信方法为，例：http://168.1.1.1:81，表示数据库服务器IP地址为168.1.1.1，占用81端口。

单击服务器“网页路径”，单击“浏览”按钮找到检索页面所在路径，即进入Web_page目录，不用选择任何文件直接确认即可（自动安装默认路径为：C:\Program Files\Goldennews\web_page）。

单击“确定”，回到金报兴图服务器主页面，再单击“猜衡系统管理”，选择“退出系统”。

重新启动服务器程序

点击“系统管理”。选择“服务启动”，这时服务器程序将自动按照前面的设置打开数据库并启动相关内容，启动时间的长短会根据设置数据库的多少而定。

简单的说一下3.3.1版本的OPLS力场如何添加吧

gromacs中OPLS力场涉及文件为

ffoplsaa.atp （原子在力场中的编号）

ffoplsaa.itp （力场的形式，混合规则，参考文献，在哪个文件中包含键，角，二面角势能参数，哪个文件中包含非成键的势能参数，等等）

ffoplsaabon.itp （键，角，二面角势能参数）

ffoplsaanb.itp （非成键的势能参数，主要是LJ势能和静电作用）

－－－－－－我是不散春华丽的分割线－－－－－－－－－－－－

在atp文件中给新原子一个新编号，然后在ffoplsaabon.itp 和ffoplsaanb.itp 中加入力场参数基本就可以了。

在添加过程中注意参数的单位和形式，尤其是二塌掘培面角的，gromacs不是用的傅立叶形式，而文献中OPLS力场一般都是给的傅立叶形式。转换关系在manual里面有

PS：如果要添加新的残基，还需要在*.rtp，*.ddb和*.hdb文件中做一团唯点修改，具体修改可以参考manual。

在具体使用的时候，可以给每个残基写一个itp，然后在一个top文件中将所有itp文件整合起来。具体可参见例子里面对水的top文件的描述。

当然，也可以将所有信息写在一起，但是那样会非常非常的不好看，一般过1个月就基本忘了当初写的是什么了。如果你的分子还是有那么7～8个原子，还是分开写的好。

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