反转录PCR的 *** 作

反转录PCR的 *** 作,第1张

1 总RNA的提取。

2 cDNA第一链的合成(Reverse Transcription):如今试剂公司有多种cDNA第一链试剂盒出售,其原理基本相同,但 *** 作步骤不一。现以GIBICOL公司提供的SuperScriptTM Preamplification System for First Strand cDNA Synthesis 试剂盒为例。

(1)在05ml微量离心管中,加入总RNA 1-5μg,补充适量的DEPC H2O使总体积达11μl。在管中加10μM Oligo(dT)12-18 1μl,轻轻混匀、离心。

(2)70℃加热10min,立即将微量离心管插入冰浴中至少1min。

然后加入下列试剂的混合物:

10×PCR buffer 2μl

25mM MgCl2 2μl

10mM dNTPmix 1μl

01M DTT 2μl

轻轻混匀,离心。42℃孵育2-5min。

(3)加入SuperscriptⅡ1μl ,在42℃水浴中孵育50min。

(4)于70℃加热15min以终止反应。

(5)将管插入冰中,加入RNase H 1μl ,37℃孵育20min,降解残留的RNA。-20℃保存备用。

3.PCR:

(1)取05ml PCR管,依次加入下列试剂:

第一链cDNA 2μl

上游引物(10pM) 2μl

下游引物(10pM) 2μl

dNTP(2mM) 4μl

10×PCR buffer 5μl

Taq 酶(2u/μl) 1μl

(2) 加入适量的ddH2O,使总体积达50μl。轻轻混匀,离心。

(3) 设定PCR程序。在适当的温度参数下扩增28-32个循环。为了保证实验结果的可靠与准确,可在PCR扩增目的基因时,加入一对内参(如G3PD)的特异性引物,同时扩增内参DNA,作为对照。

(4) 电泳鉴定:行琼脂糖凝胶电泳,紫外灯下观察结果。

(5) 密度扫描、结果分析:采用凝胶图像分析系统,对电泳条带进行密度扫描。

聚合酶链式反应是一种用于放大扩增特定的DNA片段的分子生物学技术,它可看作是生物体外的特殊DNA复制,PCR的最大特点,是能将微量的DNA大幅增加。因此,无论是化石中的古生物、历史人物的残骸,还是几十年前凶杀案中凶手所遗留的毛发、皮肤或血液,只要能分离出一丁点的DNA,就能用PCR加以放大,进行比对。这也是“微量证据”的威力之所在。由1983年美国Mullis首先提出设想,1985年由其发明了聚合酶链反应,即简易DNA扩增法,意味着PCR技术的真正诞生。到如今2013年,PCR已发展到第三代技术。1973 年,台湾科学家钱嘉韵,发现了稳定的Taq DNA聚合酶,为PCR技术发展也做出了基础性贡献。

PCR(聚合酶链式反应)是利用DNA在体外摄氏95°高温时变性会变成单链,低温(经常是60°C左右)时引物与单链按碱基互补配对的原则结合,再调温度至DNA聚合酶最适反应温度(72°C左右),DNA聚合酶沿着磷酸到五碳糖(5'-3')的方向合成互补链。基于聚合酶制造的PCR仪实际就是一个温控设备,能在变性温度,复性温度,延伸温度之间很好地进行控制。

PCR的原理

DNA的半保留复制是生物进化和传代的重要途径。双链DNA在多种酶的作用下可以变性解旋成单链,在DNA聚合酶的参与下,根据碱基互补配对原则复制成同样的两分子拷贝。在实验中发现,DNA在高温时也可以发生变性解链,当温度降低后又可以复性成为双链。因此,通过温度变化控制DNA的变性和复性,加入设计引物,DNA聚合酶、dNTP就可以完成特定基因的体外复制。

但是,DNA聚合酶在高温时会失活,因此,每次循环都得加入新的DNA聚合酶,不仅 *** 作烦琐,而且价格昂贵,制约了PCR技术的应用和发展。

耐热DNA聚合酶--Taq酶的发现对于PCR的应用有里程碑的意义,该酶可以耐受90℃以上的高温而不失活,不需要每个循环加酶,使PCR技术变得非常简捷、同时也大大降低了成本,PCR技术得以大量应用,并逐步应用于临床。

PCR技术的基本原理类似于DNA的天然复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成:①模板DNA的变性:模板DNA经加热至93℃左右一定时间后,使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离,使之成为单链,以便它与引物结合,为下轮反应作准备;②模板DNA与引物的退火(复性):模板DNA经加热变性成单链后,温度降至55℃左右,引物与模板DNA单链的互补序列配对结合;③引物的延伸:DNA模板--引物结合物在72℃、DNA聚合酶(如TaqDNA聚合酶)的作用下,以dNTP为反应原料,靶序列为模板,按碱基互补配对与半保留复制原理,合成一条新的与模板DNA链互补的半保留复制链,重复循环变性--退火--延伸三过程就可获得更多的“半保留复制链”,而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一个循环需2~4分钟,2~3小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。

原料:

DNA聚合酶链式反应技术简称PCR技术,是一种以模板DNA为基础,在引物和4种脱氧核糖核苷酸存在的条件下,利用DNA聚合酶的酶促反应,完成对模板的目的片段的快速扩增的过程,其依赖于3个温度的反复循环。

每一循环的3个步骤为:

(1)变性:即双链DNA在94℃条件下,通过热变性使模板的双链DNA氢键断裂而变成单链。

(2)复性:即当变性温度突然降至引物Tm值(通常为35~65℃)以下时,使引物与模板DNA互补序列杂交。由于引物一般由10~25个碱基序列,模板DNA结构远比引物分子复杂,且反应体系中引物分子的浓度又远大于模板DNA,故在退火温度时,引物与模板DNA容易结合形成互补链。

(3)延伸:在DNA聚合酶的作用下,以DNA为模板和以4种脱氧核糖核苷酸为原料,在Mg2+存在的条件下。DNA聚合酶依赖于其5'→3'的聚合酶活力,以引物结合于DNA模板链为起始点。使引物的序列得以延伸,合成模板DNA的互补链。

1、变性:目的双链DNA片段在94℃或高温下解链为单链;

2、退火:目的基因片片段的5‘,3’端的引物在适当温度(一般为引物Tm值+5℃提高扩增的特异性)下与模板上的目的基因的5‘,3’端给合;

3、延伸:在TaqDNA聚合酶的作用下和引物的引导下将PCR反应体系中的A,G,T,C给合到模板上去,完成DNA片段的复制产生一条新的DNA片段

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