造成不孕的病因有很多，除了生殖、内分泌异常及生殖器官异常可引起不孕外，一些浑身性疾病也可致不孕。
最常见的是内分泌及代谢方面的疾病，如甲状腺机能亢进、糖尿病、甲状腺机以减退、肾上腺皮质功能异常和肥胖症等。
一、甲状腺功能障碍
甲状腺功能障碍可造成雌性激素代谢障碍、FSH及LH分泌异常，常表现极少妊娠，为了明显的卵巢机能不全。目前对于甲状腺机能异常引起不孕的病理机制尚无足够的认识，可能与下列因素有关：[-hzh-]
1、代谢异常
在甲状腺机能减退的病人常因代谢功能低下而引起肥胖，从而增加了不孕的发病率。
2、自体免疫
甲状腺机能障碍伴不孕病人中甲状腺抗体阳性者所占比例较高，说明该类不孕可能与自体免疫功能异常有关。
3、影响子宫发育
动物实验研究了甲状腺机能低下的大鼠子宫结构，发现子宫内膜减少，肌层变薄、宫角体积减少。
4、卵巢功能异常
临床研究显示，甲状腺机能低下的病人促性腺激素的分泌呈脉冲式，但基线水平较正常者高，从而影响了排卵。部分病人虽然体内雌性激素水平正常，有正常的或近似正常的月经周期，仍存在不孕，可能因垂体促性腺激素效能降低或存在抗卵巢作用，亦会造成不排卵。
二、肥胖症
肥胖是指由于能量摄取和消耗之间平衡失调，多余的能量以脂肪的形式在体内聚积造成体重增加，体重超过理想体重的20%或体重指数（BMI）>26者。随着现代化生产水平及人们生活水平的提高，尤其在发达国家，肥胖的发病率越来越高，并且与糖尿病、高血压、心血管疾病、冠状动脉粥样硬化性心脏病和高脂血症等病的发病密切相关。肥胖症还可引起卵巢功能异常、子宫发育不良、阴道炎、性机能异常及外阴、不孕症等妇科疾患。已经证实肥胖症病人不孕的发生率明显高于体重正常者。
三、糖尿病
糖尿病可致糖、蛋白质、脂肪等体内多种物质代谢功能紊乱，女性病人常同时伴有不孕及月经紊乱，或妊娠后发生死胎、早产或巨大胎儿。糖尿病造成女性不孕的病因现在还不清楚，文献报道不多。可能与下列因素有关：
1、肥胖：
部分糖尿患者因代谢紊乱致肥胖，而肥胖是不孕的原因之一。
2、自体免疫：
在部分糖尿病伴不孕病人血浆中可查到抗胰岛素抗体，其中一些病例还可同时测到卵巢抗体。
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